lab/技術情報/mpich2

MPICH2 †

キッチンで分散メモリ環境を作ってしまおうの段

環境 †

• Fedora6 *3
• Gigabit LAN

インストール †

• yumのレポジトリを探すもMPICH2はみつからず。あきらめて本家サイトからソースを落としてインストール。特にパラメータの指定は行わず。
• /etc/hostsに

  127.0.0.1 localhost hostmname

  のようなエントリがあるとmpdbootのときに

  failed to handshake with otherhosts on mpd

  のようなエラーが出る。/etc/hostsの該当箇所をコメントアウトしたら出なくなった。
• NASAのMPIベンチマーク(NPB)をDLして展開。READMEをよむと

  NPB_DIR/conf/make.def.sample

  を修正せよとのこと。

  MPICC=cc

  となっていたのを

  MPICC=mpicc

  に直し、

  -L/usr/local/lib -lmpi

  となっていたのを

  -L/usr/local/lib

  に直した。適当です。不適切であれば誰か指摘してほしいです。
• リネーム

  mv NPB_DIR/conf/make.def.sample  NPB_DIR/conf/make.def 

• コンパイル。Cで書かれているのはISというプログラムだけなので、

  make is CLASS=B NPROCS=2 

  てな感じでコンパイル。CLASSは問題の規模、NPROCSは同時に走らせるプロセス数。
• 分散メモリで処理してみる。とりあえず

  mpdboot -n 2 -f ~/mpd.hosts

  
  

  mpiexec -n 2 `pwd`/bin/is.B.2

  と叩くと勝手に走り出す。処理中、プロセスが走っているはずの端末にSSHしてtopを見てみると、is.B.2なるプロセスが走っているではないか！成功！

考察 †

• 3台のうち、２台は別室にある。この２台の間で分散処理をさせるとやはり早い。手元にある１台と別室の１台で分散処理をさせると遅い。ネットワークの良し悪しが性能を大きく左右することがわかった。

comment †

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